Azərbaycan yenidən müstəqilliyə qovuşduqdan sonra 1991-ci il sentyabrın 5-də Müdafiə Nazirliyinin yaradılması baradə qərar və həmin il oktyabrın 9-da Azərbaycan Respublikasının Ali Soveti tərəfindən Silahlı Qüvvələrin yaradılması haqqında qanun qəbul edilməsinə baxmayaraq, respublika rəhbərliyi bu qərarların həyata keçirilməsi üçün heç bir səy göstərmirdi. Torpaqların müdafiəsi yalnız pərakəndə fəaliyyət göstərən könüllü dəstələrin ümidinə qalmışdı. Bütün bunlara yalnız ümummilli lider Heydər Əliyev 1993-cü ildə yenidən hakimiyyətə qayıtdıqdan sonra son qoyuldu. Heydər Əliyev Silahlı Qüvvələrin Ali Baş Komandanı kimi hərbi sahədə də dirçəlişə nail ola bildi. O, yerli özünümüdafiə və könüllü batalyonlar adı altında fəaliyyət göstərən silahlı birləşmələri ləğv edərək, vahid komandanlıq sistemində təşkil olunan nizami ordu yaratdı.
Varislik prinsipi əsas tutularaq ümummilli lider Heydər Əliyevin 22 may 1998-ci il tarixli sərəncamı ilə 26 iyun Silahlı Qüvvələr Günü kimi qeyd olunur.